经营的模式、商品不同。
一、专营店，一般是指专门经营某一类或者某一种品牌商品的商店，还指占地800平方英尺以下，主要集中经营有限量的几种互补商品并提供高水准的服务的零售商。直营店是企业直接经营的零售店，一些实力雄厚的大品牌往往喜欢采用用自营的方式，直接投资在大商场经营专柜或黄金地段开设专卖店进行零售。
二、商品种类
专营店集中于一块狭长的市场分区，经营少量的商品品种但商品种类多样。而言，专营店比直营店或折扣商店能为顾客提供更好的选择和销售专家评价。顾客则被专营店多样的商品种类、个性化和熟悉的商店氛围所吸引。
淘宝专营店与自营店区别 扩展
淘宝平台专营店。是专门营销某种产品的代理商店，一般是不经营其他品牌产品的，是企业或者长家自己设定的转营本企业或公司产品的商店。
京东平台自营店就不一样。他也可以多种经营，只要不违反政策，营业执照允许经营的商品，都是可以经营的。是有自主经营权的。这是两种商店的区别。