区别如下：
一、位置
1、北京海洋馆，坐落在北京动物园内长河北岸，南倚长河、毗邻北京展览馆、天文馆和首都体育馆。
2、太平洋海洋馆坐落于北京中央广播电视塔下。
二、面积
1、北京海洋馆占地12万平方米，建筑面积4.2万平方米，绿化面积达8万多平方米。
2、太平洋海洋馆建筑面积7000平方米。
三、动物种类数量
1、北京海洋馆内饲养和展示各种海洋鱼类及生物达千余种，数万尾；同时生物收藏量也属最大：海底生物总饲育鱼类达3万-5万尾，其中海洋观赏鱼类及淡水观赏鱼类近千余种。已有数万尾观赏鱼入住了海洋馆，并已完全适应这里的新环境。除观赏鱼类之外，北京海洋馆还有一支实力雄厚的海洋动物表演团，其成员是包括海豚、鲸鱼及海狮等哺乳类动物。
2、太平洋海洋馆内放养数百种海洋生物，大到凶猛的鲨鱼，小到绚丽多彩的珊瑚鱼以及多种珍稀的淡水鱼类。